Pascasarjana UINSI Samarinda dipimpin oleh seorang direktur dan dibantu oleh seorang wakil direktur. Pascasarjana UINSI Samarinda dari awal berdirinya sampai sekarang telah dipimpin oleh empat orang direktur, yaitu Dr. Iskandar, M.Ag. (2011-2015), Prof. Dr. Hj. Siti Muri’ah (2015-2016), Dr. Muhammad Nasir, M.Ag (2016 – 2019) dan Dr. H. M. Muhammad Tahir, S.Ag, MM (2019-23). Saat ini pengelolaan Pascasarjana UINSI Samarinda dipimpin oleh direktur dan dibantu oleh satu wakil direktur. Pada Program Magister ada enam ketua dan sekretaris prodi, sedangkan Program Doktor hanya satu Prodi yaitu PAI terdiri dari Ketua dan Sekretaris, serta satu Staf Khusus, satu UPM, satu kasubbag akademik dan enam staf akademik.
Sejarah hadirnya Program Doktor Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI) Universitas Islam Negeri Sultan Aji Muhammad Idris Samarinda sejak ditetapkannya Izin Penyelenggaraan pada tanggal 5 Agustus 2021 yaitu SK Menteri Agama RI Nomor 773 Tahun 2021. Keberadaan Program Doktor Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI) Universitas Islam Negeri Sultan Aji Muhammad Idris Samarinda diharapkan akan memberikan kontribusi yang besar bagi pengembangan pendidikan agama di Kalimantan Timur dan Utara khususnya. Hal ini dikarenakan mayoritas penduduknya beragama Islam. Secara historis wilayah ini terdapat beberapa kerajaan Islam yang berkontribusi besar dan mendasar dalam menyebarkan dan membumikan Islam di tanah Borneo. Keberadaan Program Doktor Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI) Universitas Islam Negeri Sultan Aji Muhammad Idris Samarinda diharapkan mampu mengemban estafet internalisasi nilai-nilai keagamaan melalui jalur pendidikan agama baik secara formal, non-fromal dan informal di Kalimantan Timur dan Utara khususnya, nasional dan internasional pada umumnya. Selain ketiga hal di atas, Pembukaan Program Doktor Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI) pada Pascasarjana Universitas Islam Negeri Sultan Aji Muhammad Idris Samarinda.